Давно был интересен момент, но самому догадаться не получилось, а у стримеров топ кланов ответа я так и не нашел (как правило там идет горение почему оно полетело ниже/выше). Опишу несколько наиболее часто встречающихся случаев:
1) Цель идет на вас под небольшим углом, допустим градусов 15-20, возможно даже больше. Чтобы попасть ей в уровень ватерлинии, в центр бронепояса, нужно целится по вертикали не в предполагаемую точку, где окажется центр бронепояса, а в уровень бронепояса где он находится на данный момент. Т.е. фактически, если посмотреть сверху,  мы целимся в воду над кораблем, но при этом если стрельнуть в предполагаемую точку появления необходимой области выцеливания – снаряды лягут в воду, перед кораблем.
Что-то типа данной ситуации

upd: объясню что имеется в виду. Первый залп по Мартелю идет с большим упрждением, но как бы под корабль – ниже ватерлинии. За счет того что упреждение было взято побольше, снаряды по горизонтали лягли не в центр корабля, а ближе к башням, но так как ватерлиния в районе башен была ниже чем у центра корабля, то не все снаряды улетели в воду. Второй залп делался как на рисунке, как результат мы видим, что снарядов попало больше. 
 
2) Обратная ситуация: цель пятится от вас задом под углом, но чтобы попасть в желаемую область на этот раз нам надо стрелять не выше корабля, а ниже – ниже ватерлинии. Что-то типа этого
3) Цель останавливается (чтобы стать в дымы или просто), но при этом проходит небольшую дистанцию на минимальных скоростях. Если мы наложим наш прицел аккурат на кончик носа на уровне ватерлинии, то цель пройдет вперед еще сотню метров и наши снаряды лягут в воду. Но если мы прицелимся в верхную часть носа, а возможно даже в воздух(если цель находится под довольно острым углом) то наши снаряды упадут как раз лягут на уровне ватерлинии.

Лучше всего было бы это показать на примере стающего в дымы Минотавра/Смоленска, но удачного примера найти не удалось, поэтому будет с Мусаси: в данном случае я стреляю в центр носика по вертикали, но Мусаси проходит вперед еще чуть-чуть и снаряды ложатся точно на уровне ватерлинии, но уже в районе первой башни. Могло бы показаться что это воля случая – повезло с разбросом и лягдо просто чуть ниже, но нет, случаи со стающими в дымы крейсерами опровергают эту догадку.

Также цель может уходить от вас вперед обратным ромбом, в этом случае тоже придется целится фактически в воду, а не где окажется желаемая для поражения часть корабля (например бронепояс крейсера). Скину потом пример, если найду. 

Я не понимаю почему это работает именно так, ведь корабль движется по оси, он даже не меняет курс во время хода, поэтому не имет места быть занос корабля во время маневра. Или я чего-то не понимаю в геометрии?