Не понимаю несколько вещей.
1) Чем не подходит Putty какая разница в какой консоли что вводить то? Зачем это излишество? Просто не понимаю, если вы все равно используете SSH
2) Нужна бесконсолная навигация по папкам? Да бога ради midnight commander в помощь
3) После подключения севрера все же стоит для начала как минимум сменить порт для ssh, это вообще к бабке не ходи, либо настраивать правила доступа по ip или по ключу.
4) Уж не поленитесь, разу уж гайд составляете почитать мануалы. Существует несколько способов добавить скрипт в автозагрузку
Сron хороший вариант в принципе, особенно хорош для организации мониторинга работоспособности, к примеру раз N времени проверять, запущен скрипт и если нет то к примеру запустить его.
Православно(сугубо мое мнение) добавлять скрипт/правило не только для загрузки но и для остановки сервера на все случаи жизни, чтобы не получилось неприятного момента, когда после перезагрузки БД у вас внезапно оказалась битой. Редкость но все же. Как это сделать для своей версии linux можно посмотреть в гугле к примеру.
5) Если хотите с комфортом администрировать сервер да еще и с удобным интерфейсом под виндой YaTQA вам в этом поможет https://myteamspeak.ru/threads/yatqa-yet-another-teamspeak-3-query-app.3034/ рядом в ветке есть и русифицированная версия.