Если по мнению разработчиков подлодки с нынешними кораблями в игре не могут сосуществовать, то почему-бы просто не разработать отдельный режим с ними?
Возможно здесь уже подобное предлагали, но уж больно много страниц листать))
По аналогии с Warplanes - есть самолеты, есть наземка. Так и здесь - есть подлодки и есть надводные цели (боты). Вот и всё. Подводные лодки должны либо зарешать как можно больше вражеских целей либо уничтожить лодки противника.
Само собой как это всё будет реализовано не знаю, но факт что подлодки это действительно самый стелсовый юнит - неоспорим. Преимущество его перед кораблями слишком очевидно. Вот и пусть они воюют каждый друг с другом на отдельных картах. И волки сыты и овцы целы. К тому же, можно будет проработать механику и баланс как угодно, не опираясь на бои кораблей и не думая о проблеме как уровнять все.классы.