Я бы предложил такой вариант.
Или:
Изменить ценность текущих перков для разных типов кораблей и больше ничего не трогать, а там как пойдет;
Или, если прямо нет сил от желания поменять игру:
сделать примерочную для новых перков (а их много) с выходом с ними в бой, например, только в кооперативе только против ботов (каждый раз перенастраивать за дублоны... так себе затея, а ведь с первого раза не угадаешь)
для достижения капитаном 21 лвл сделать , ну допустим 2000000-2100000 опыта, а не 1708000 как сейчас до 19, или вообще автоматом выдать полный объём опыта имеющимся кэпам, но никак не озадачивать дополнительной прокачкой еще на 1,2 ляма каждого!!!, 2 перка как почти фуловый капитан... рука-лицо...
если менять систему перков в целом, то надо комплексно подходить и к перебалансу самих кораблей - артиллеристы не станут ПВО-шниками или ПМК-шниками и наоборот, как ни крути перками, какая тогда "вариативность" геймплея, так, легкие примочки...
Кто кем был, тот тем и останется, и набор перков будет почти одинаковый для всех, как и было (есть сейчас) для усиления сильных сторон каждого корабля. Так что затея с перками имеет под собой весьма слабое основание без изменения всей игры.